傳統的酵母發酵乙醇技術用于糖或淀粉含量高的生物質已經趨于成熟。并有較大規模應用，而對于含大量纖維素的植物來講，首先預處理生物質得到纖維素和半纖維素，去除阻礙糖化和發酵的物質，使其更容易被降解和發酵；然后用酸或酶水解聚合物成單糖(包括五碳糖和六碳糖)；用基因工程菌發酵六碳糖和五碳糖生成乙醇，而木質素不能轉化為乙醇，它可以和其它不能轉化成乙醇的殘渣一起作為燃料使用，為生產提供動力。
純酒精或汽油和酒精的混合物都可以作為燃料。混有體積分數為20％的酒精的汽油辛烷值高，能清潔燃燒，而且不必對汽車發動機作較大的改造。預計未來非糧生物質水解發酵制燃料乙醇的成本將低于用糧食發酵法生產乙醇的成本，有著其它原料生產燃料乙醇不可比擬的優勢，不少國家已在多年以前就開展此項工作。目前還沒有實現大規模工業化生產，今后應開發生物質處理新技術，培育價廉高活力的新型纖維素酶及五碳糖六碳糖同步發酵的新菌種，研發出流程短、效率高、能耗低的生物質生產乙醇新工藝，從而降低乙醇生產成本，同時應注重副產物的開發，早日實現生物質生產燃料乙醇的產業化。
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